بله. ابتدا ناحیه چند ضلعی مورد نظر را در یک تصویر ماسک رسم کنید به طور مثال با تابع drawContour و بعد از آن از تابع copyTo جهت کپی کردن بخشی از تصویر استفاده نمایید تابع copyTo برای کپی کردن داده ها از تصویر به تصویر دیگر در صورت نیاز پارامتر ماسک هم دریافت می کند.
در زیر هم مثالی برای شما قرار دادم.
Mat org = imread("d:/hadi2.jpg",1);
Mat dst (org.size(),CV_8UC3,Scalar::all(0));
Mat mask(org.size(),CV_8UC1,Scalar::all(0));
vector<Point> points;
points.push_back(Point(100,100));
points.push_back(Point(200,100));
points.push_back(Point(250,150));
points.push_back(Point(200,200));
points.push_back(Point(150,250));
points.push_back(Point(100,200));
vector<vector<Point>> contours;
contours.push_back(points);
drawContours(mask,contours,-1,Scalar::all(255),-1);
org.copyTo(dst,mask);
imshow("view",dst);
waitKey(0);