اگر فارغ از IDE قصد دارید ایندنت کنید می تونید پکیج autopep8 را نصب کنید و بعد فایل مدنظر را به صورت زیر ایندنت کنید.
نصب:
pip install autopep8
اصلاح فایل:
autopep8 -i my_script.py
اما در vs code از shift+alt+F استفاده کنید.